Administracijos departamentas
Vadovė – Rita Bagdonienė
Finansų departamentas
Vadovė – Vitalija Batakienė
Nacionalinių rinktinių departamentas
Atsako už efektyvų nacionalinių rinktinių veiklos planavimą bei koordinavimą.
Vadovas – Mindaugas Zurza
Rinkodaros ir komunikacijos departamentas
Atsako už futbolo žinomumo didinimą ir pozityvaus federacijos įvaizdžio formavimą, išorinės ir vidinės komunikacijos valdymą, darbą su rėmėjais bei efektyvius ir aktyvius rinkodaros projektus.
Vadovas – Antanas Martusevičius
Techninis departamentas
Sudaro nacionalinio techninio vystymo programas ir vadovauja joms, atsako už futbolo žaidimo ateitį, už visų veiklų, susijusių su techniniu vystymu, įgyvendinimą, o taip pat už kontrolę, monitoringą ir įvertinimą.
Vadovas – Patrick de Wilde
Varžybų ir licencijavimo departamentas
Atsako už LFF varžybų vykdymą, profesionalų ir savalaikį futbolo vietinių bei tarptautinių renginių organizavimą, žaidėjų registraciją, sąžiningo žaidimo principų laikymąsi.
Vadovas – Maksimas Bechterevas