Administracijos departamentas

Atsako už Lietuvos futbolo federacijos administracinę veiklą. 

Finansų departamentas

Atsako už federacijos finansinę veiklą. 

Nacionalinių rinktinių departamentas

Atsako už efektyvų nacionalinių rinktinių veiklos planavimą bei koordinavimą.

Rinkodaros ir komunikacijos departamentas

Atsako už futbolo žinomumo didinimą ir pozityvaus federacijos įvaizdžio formavimą, išorinės ir vidinės komunikacijos valdymą, darbą su rėmėjais bei efektyvius ir aktyvius rinkodaros projektus. 

Techninis departamentas

Sudaro nacionalinio techninio vystymo programas ir vadovauja joms, atsako už futbolo žaidimo ateitį, už visų veiklų, susijusių su techniniu vystymu, įgyvendinimą, o taip pat už kontrolę, monitoringą ir įvertinimą.

Varžybų ir licencijavimo departamentas

Atsako už LFF varžybų vykdymą, profesionalų ir savalaikį futbolo vietinių bei tarptautinių renginių organizavimą, žaidėjų registraciją, sąžiningo žaidimo principų laikymąsi.